Penelitian ini bertujuan untuk mengkaji karakter morfologi dan anatomi jagung Doti dan Siropu lokal Gorontalo. Metode penelitian yang digunakan adalah deskriptif kualitatif dan kuantitatif dengan pendekatan komparatif. Variabel data morfologi tanaman diamati dan dianalisis secara kualitatif kuantitatif, sedangkan karakter anatomi berupa jumlah stomata, kerapatan dan indeks stomata dianalisis secara kuantitatif. Hasil pengamatan menunjukkan bahwa karakter morfologi jagung Doti dan Siropu lokal Gorontalo sangat bervariasi, dilihat dari waktu tumbuh, tinggi tanaman, serta ciri-ciri fisik akar, batang, daun, malai, tongkol dan biji. Jaringan penyusun batang dan daun jagung Doti dan Siropu lokal Gorontalo menunjukan perbedaan signifikan berdasarkan umur tanaman. Jagung Doti memiliki jaringan berkas pengangkut pada batang dan daun, yang lebih besar, padat dan teratur, bila dibandingkan dengan jagung siropu pada umur tanaman 30, 40 dan 60 hari setelah tanam. Jagung Doti dan Siropu memiliki tipe stomata amfistomatik. Jumlah stomata pada permukaan adaksial jagung doti cenderung meningkat seiring dengan bertambahnya usia tanaman, sedangkan pada jagung siropu, jumlah stomata meningkat pada umur 40 hari setelah tanam, selanjutnya menurun di usia 60 hari setelah tanam. Sebaliknya pada permukaan abaksial, pada kedua jagung jumlah stomata meningkat hingga umur 40 hari setelah tanam, selanjutnya pada umur 60 hari setelah tanam jumlah stomata mengalami penurunan jumlahnya. Kata-kata kunci: Anatomi; berkas pengangkut; jagung lokal; morfologi, stomata.