BRENDA FEBRINA ZUSRIADI. 2023. Analisis Filogenetik Jeruk Bali (Citrus maxima) Berdasarkan Marka Molekuler DNA Kloroplas Maturase K (matK). Skripsi. Program Studi Biologi. Pembimbing 1: Prof. Dr. Novri Youla Kandowangko, M.P. Co-Pembimbing 2: Febriyanti, S.Pd., M.Sc Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui karakteristik morfologi, karakteristik molekuler sekuens DNA Kloroplas matK, dan hubungan kekerabatan jeruk bali di Kawasan Pesisir Teluk Tomini. Jenis penelitian adalah deskriptif kuantitatif. Data primer didapatkan hasil karakterisasi morfologi dan sekuensing gen matK sampel C.maxima. Data sekunder terdiri atas 10 sekuens gen matK genus Citrus (ingroup) dan sekuens gen matK Zanthoxylum sp. Clayton 15 dan Triphasia trifolia (outgroup) dari NCBI. Tahapan penelitian meliputi koleksi dan karakterisasi morfologi sampel, preparasi sampel daun, isolasi DNA, amplifikasi DNA dan sekuensing DNA. Analisis data menggunakan software Multi-Variate Statistical Package (MVSP), Basic Local Alignment Search Tool (BLAST), dan Molecular Evolutionary Genetics Analysis Version 11 (MEGA11). Hasil penelitian menunjukkan karakteristik morfologi jeruk bali beragam pada bagian kanopi dan batang, daun, buah, serta bulir dengan indeks similaritas sedang sebesar 49,2%. Karakteristik molekuler sekuens DNA Kloroplas matK kedua sampel yakni memiliki panjang 1530 pasangan basa, kandungan AT content 64,64%, GC content 35,36%, dan tidak memiliki situs bervariasi. Hasil rekonstruksi pohon filogenetik menunjukkan kedua sampel C.maxima berada pada satu cabang bersama C.maxima Mato Buntan dengan indeks similaritas sebesar 100% sehingga tergolong hubungan kekerabatan sangat dekat. Kata kunci: DNA Barcoding, Filogenetik, Jeruk Bali, matK, Teluk Tomini