Hesti. 1111419015. Analisis Karakteristik Genetik Ikan Manggabai (Glossogobius aureus) Menggunakan DNA Barcode Sebagai Dasar Pengembangan Budidaya Ikan Endemik. Skripsi. Jurusan Budidaya Perairan. Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan. Universitas Negeri Gorontalo. Dibimbing oleh Prof. Dr. Ir. Hasim, M.Si dan Arafik Lamadi, S.ST, M.P. Ikan manggabai (Glossogobius aureus) merupakan ikan lokal Danau Limboto. Sejalan dengan kerusakan Danau Limboto keberadaan ikan ini mengalami tekanan dan penurunan. Untuk mendukung kegiatan domestikasi maka perlu dilakukan penelitian tentang karakter morfologi dan genetik ikan manggabai untuk mendukung kegiatan domestikasi. Penelitian ini bertujuan untuk menentukan karakter morfologi dan genetik ikan manggabai di perairan Danau Limboto. Pengambilan sampel dilaksanakan pada Bulan Novembber 2022 sampai Bulan Februari 2023. Terdapat 3 stasiun pengamatan yang ditentukan secara purposive. Sampel yang digunakan dalam penelitian ini adalah hasil tangkapan nelayan. Sampel ikan yang diperoleh diidentifikasi secara morfologi. Selanjutnya dilakukan koleksi sampel jaringan daging dan jantung ikan manggabai untuk DNA Barcode. Pengukuran truss morfomterik dilakukan dengan menggunakan 24 jarak truss yang diukur menggujakan software imageJ. Data truss morfometrik ikan dianalisis dengan menggunakan uji Z untuk melihat signifikan atau non signifikan setiap jarak karakter truss morfomterik antar jenis kelamin ikan manggabai. Sedangkan pengukuran karakter meristik dilakukan secara manual. Analisis morfologi dilakukan dengan cara deskriptif dengan membedakan bentuk morfologi ikan manggabai. DNA Barcode menggunakan gen Cytochrome Oxidase Sub Unit I (COI) pada ikan manggabai, mengetahui persentase kemiripan nukleotida, mengkontruksi jarak genetik dan filogenetikk antar spesies ikan manggabai. Metode yang digunakan dalam barcoding spesies dan menentukan kekerabatan genetik adalah isolasi DNA, amplifikasi DNA menggunakan PCR (Polymerase Chain Reaction), elektroforesis, dan sekuensing daerah gen COI pada mtDNA. Hasil pengamatan karakter morfologi ikan manggabai memilik tubuh silindris dan terdapat bitnik-bintik pada bagian atas tubuh. Postur tubuh ikan betina lebih besar dibandingkan ikan jantan. Terdapat 6 karakter morfometrik yang berbeda yaitu pada bagian PrDL2, PoDL2, Anls, TSD1, TSD2, dan PDSC. Karakter meristik D1.VI,D2 8-11,A.7-10,P.I.6-11,V. 10-17, dan C.14-18. Hasil BLAST di NCBI ikan magggabai teridentifikasi sebagai glossogobius aureus dengan indeks kemiripan 99.40-100%. Analisis jarak genetik ikan manggabai yaitu 0.000-0.005 yang tergolong dalam kategori rendah. Untuk mendukung kegiatan domestikasi maka sebaiknya mencari pasangan calon induk dari lokasi lain yang memiliki keragaman genetik yang berbeda. Kata kunci : Manggabai,Morfologi,Jarak Genetik, Filogenetik