ANNISA FADILA. 2023. Keanekaragaman Lemon Suanggi (Citrus × limon L.) Berdasarkan Penanda Morfologi dan Molekuler. Skripsi. Program Studi Biologi. Pembimbing 1: Prof. Dr. Novri Youla Kandowangko, M.P. Co-Pembimbing 2: Febriyanti, S.Pd., M.Sc. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui keanekaragaman lemon suanggi berdasarkan penanda morfologi dan molekuler. Jenis penelitian adalah deskriptif dengan pendekatan kuantitatif dan kualitatif. Eksplorasi dan penentuan lokasi penelitian menggunakan metode purposive sampling. Data primer berupa hasil karakterisasi morfologi dan sekuens gen matK sampel lemon suanggi. Data sekunder berupa sekuens gen matK genus Citrus dan sekuens gen matK Zanthoxylum sp. Clayton 15 yang diperoleh dari NCBI. Prosedur penelitian meliputi eksplorasi dan koleksi sampel, identifikasi dan karakterisasi morfologi, preparasi sampel, isolasi DNA, amplifikasi DNA dan sekuensing DNA. Analisis data menggunakan program MVSP dan MEGA11. Hasil penelitian menunjukkan bahwa lemon suanggi memiliki keragaman yang rendah berdasarkan penanda morfologi kanopi dan batang, daun, buah dan biji dengan nilai koefisien kemiripan sebesar 76,8-93,5%. Serta memiliki keragaman yang rendah berdasarkan penanda molekuler matK dengan perbandingan variasi genetik matK menunjukkan hanya terdapat dua perbedaan nukleotida pada site 723 dan 1.429. Kata kunci: keragaman, lemon suanggi, molekuler, morfologi.